Việc sửa soạn cho Công đồng kéo dài hơn hai năm và bao gồm 10 ủy ban chuyên môn, cũng như báo chí và Christian Unity, và Ủy ban Trung ương để phối hợp Công đồng. Các nhóm này, phần lớn là thành viên của Giáo triều Rôma (Roman Curia), đề nghị 987 hiến pháp và sắc lệnh (được gọi là "lược đồ", schemata) với mục đích là Công đồng nghĩ đến chấp nhận nó. Người ta nghĩ rằng các nhóm này sẽ được kế nhiệm bởi những ủy ban tương tự vào lúc Công đồng, những ủy ban này sẽ thực hiện công việc chính là phác thảo và đọc lại các bản đề nghị, trước khi trình bày nó trước cả Công đồng để cho họ đọc lại và chấp nhận; tuy nhiên, hóa ra là tất cả mọi lược đồ bị từ bỏ trong phiên họp khai mạc của Công đồng, và các văn kiện được tạo mới.[1]

Các phiên họp chung được tổ chức vào mùa thu các năm sau, vào bốn "giai đoạn", từ 1962 đến 1965. Trong năm còn lại thì các ủy ban đặc biệt họp lại để đọc lại và xếp lại những văn kiện được viết bởi các Giám mục và để sửa soạn cho giai đoạn sắp tới. Các phiên họp được tổ chức bằng tiếng La Tinh tại Vương cung thánh đường Thánh Phêrô, và Công đồng giữ kín các thảo luận và ý kiến. Mỗi bài diễn văn (được gọi là "sự can thiệp", intervention) chỉ được 10 phút. Tuy nhiên, phần lớn công việc của Công đồng xảy ra tại nhiều cuộc họp ủy ban khác (có thể dùng ngôn ngữ khác), cũng như các cuộc họp thoải mái và buổi họp mặt ngoài Công đồng chính thức.

2.908 người nam (được gọi là các Nghị Phụ, Council Fathers) được có mặt tại Công đồng. Trong số này có các Giám mục, cũng như nhiều tu viện trưởng. 2.540 người tham gia vào phiên họp khai mạc, làm nó thành cuộc họp lớn nhất tại công đồng nào trong lịch sử Giáo hội. Các phiên họp về sau có từ 2.100 người cho đến 2.300 người. Ngoài ra, một số periti (từ tiếng La Tinh của "nhà chuyên môn") có mặt để đưa ý kiến thần học – hóa ra là nhóm này có ảnh hưởng lớn sau khi Công đồng bắt đầu thảo luận thêm. 17 giáo phái Chính Thống giáo và Tin Lành gửi quan sát viên.[1] Hơn ba chục người tiêu biểu cho những cộng đồng Kitô giáo kia tại phiên họp khai mạc, và số đó lên gần 100 vào lúc phiên họp thứ tư kết thúc.